المياه المستجرة من نبع السن تمر بمرحلة تصفية ومن ثم التعقيم إذ انها تضخ أولاً إلى خزان المياه الخامية مباشرة (خزان التهدئة) ومن هناك تتوزع إلى المرشحات الرملية وفق المواصفات المطلوبة للرمل من تدرج حبي إلى عامل تجانس ونسبة السيليس وذوبانه في الحموضة الممدة...الخ وهذا الرمل يتوضع على مصافي خاصة ذو ثقوب تسمح بمرور الماء فقط (أي قطر هذه الثقوب اصغر من قطر حبيبات الرمل) ومن ثم تتجمع المياه في خزان المياه المصفاة ومن هناك تضخ إلى خزان التوزيع في سفح جبل قرفيص لتأتي بالإسالة إلى خزان مدينة اللاذقية في القلعة والمنتزه حيث تتوزع عبر شبكة المدينة.

 نبع السن وهو المصدر الأساسي الذي يغطي مدن المحافظة (اللاذقية - جبلة - القرداحة - القسم الاعظم من ريف جبلة وجزء من ريف القرداحة) ويجري الآن تنفيذ مجموعة من المشاريع لارواء تجمعات ريفية في منطقة جبلة والقرداحة والحفة بالاعتماد على النبع المذكور.وضماناً لوصول المياه بشكل دائم نقية وضمن المواصفات الصحية والقياسية  ونظراً لتغير عكارة مياه النبع تبعاً لفصول العام فقد حرصت المؤسسة على تنفيذ محطة تصفيةتم رصد الاعتمادات اللازمة لهذا الغرض وبدأ بتنفيذ هذه المحطة وهي الآن في مراحلها النهائية من حيث الأعمال الإنشائية وبدء بأعمال الإكساء وكذلك تم توريد الرمل وفحم النتراسيت وكذلك الفلاتر  والتجهيزات الميكانيكية والكهربائية هي قيد التركيب.